第十六关：豺狼峡谷the jackal canyon
回到镇子后权威的士兵守在镇长门口，只能到车库下面的抵抗组织基地见上尉，上尉告知豺狼峡谷（jackal canyon）出现了一艘方舟，一旦方舟幸存者和豺狼会面，他们很快会被豺狼干掉，他们的解密器就能被豺狼搞到手。为了防止出现这种局面，上尉让玩家去北面的豺狼峡谷找到方舟，取出解密器带回基地给罗萨德，这样就能读出玩家身份驱动器上丢失的数据。
第十七关：地铁镇副线任务additional job
副线任务可逐一询问镇里的人获得，第一个是镇长办公室外的戈比（gabe），他让玩家到商店后面和德确克（dietrick）联系，此人经营着一个化工厂，只要一开机变异人听到噪音就会赶来，他让玩家帮他到厂里用空瓶装蓝光原料（blueshine）再带回来。这个任务要从地铁镇外面不远处右侧的山洞进去，穿过绿色的散发绿色光芒的类似钟乳石的山洞后来到外面的厂区，从边上的小路进工厂，用破锁器破开某个办公室的门，跳到木板破口下面的黑色原料上，穿过圆形的下水道管子，干掉几个变异人后从圆形楼梯上去，跳下窗台，下面的房间低处铁罐后面有补给，拿到后从圆罐的阶梯爬上去，一直来到最顶上的走廊，进房间后跳到下面的原料上，沿台阶上去，到上面的控制台边拿了两个水壶先后放到边上的铁罐里，然后启动阀门，变异人很快会开始进攻，不久水壶已经盛满原料，容器背后的墙壁打开，从那里过去，到一个充满阳光的房间后攀上铁梯，蹲着跨过一个箱子就能从原来的门口出去。然后返回镇子把原料交给德确克。
第二个任务：底楼的老头诺布（norbu）年老体衰，他让玩家帮他到火山区找一种叫做彗星绽放（comet bloom）的止痛草药，这个任务只要出地铁镇，沿地图行驶到权威的基地外干掉几个变异人便能拿到这种草药，带回去交给诺布就行。
第三个任务是到底楼的车库和斯达克（starky）进行比赛，获胜后就能得到他外号叫帝王（monarch）的车子。另外底楼的梅尔（mel）那里可以让玩家参加赛车比赛，如缺乏资金可参加几场。
招工板上的任务：
第四个任务可从招工板上获得，内容是寿衣派（shrouded clan）袭击了蓝线站，工人被屠杀，雇人去消灭帮派的人。地图仍然是蓝线站那张，里面的变异人换成了穿橙色衣服的强盗，很多地方设有无人机枪，用狙击枪两枪就能打坏一个。
第五个任务是权威正在银库里设立前哨站（help wanted），镇里雇人去关闭权威的移动式发电机，地图仍然是金库，发电机就是控制机枪塔的蓝色装置，用电磁脉冲手雷炸毁即可，敌兵都是权威步兵，狙击枪命中头部是最佳方法。
第六个任务是小偷偷取了蓝光原料，并要毁掉蒸馏厂，有人出钱抓捕小偷，过程非常简单，只要重新回到厂里提炼原料的容器边干掉几个变异人，再装满两个罐头的原料就行。
这些副线任务大致是需要主线任务提前去过同一区域后才能解开，可同时在镇子里领取任务，出镇子以后一并完成，这样显得比较有效率。
第十八关：权威主基地capital prime
拿到解密器后回到地铁镇，在车库下面的基地见罗萨德，他对解密器解密了身份驱动器，分析后发现了所有方舟的所在地、密码、重启时间等，上尉认为有了身份驱动器里的密码就能释放权威所关押的所有方舟幸存者，这样就能对权威的主要基地（capital prime）发动进攻。和波特曼进行对话后，他让玩家去炸掉通往北面峡谷（raine）入口处的路卡，然后赶到峡谷大桥，炸掉发电机以解决大桥的防御，这样抵抗组织就能顺利攻入权威主基地。和伊丽莎白对话后她告诉玩家变异人不是由于小行星撞击地球后产生的宇宙射线，而是权威使用纳米设备对人体进行试验的产物，失败的样本像垃圾一样被倾倒到废土，任凭其自生自灭。
出基地后前往峡谷入口处的路卡，用车载机枪干掉附近的变异人，在大门口安装炸弹并引爆，然后把车上的武器切换为电浆炮，通过路卡往前走，前面会遇到好几辆装有电浆机枪的敌方车辆，击毁后来到峡谷权威基地里乘电梯上去，在左右两个发电机处安放炸药，炸毁后坐电梯回到下面坐车回地铁镇。
在车库地下基地见到波特曼后他会给玩家权威脉冲机枪（authority pulse cannon），上尉则让玩家到权威主基地的方舟控制室上传身份驱动器里的数据，这样就能打开剩余的方舟，释放出里面的幸存者，以组建军队对抗权威。
到商店里购买一些弹药后出地铁镇，此时外面的敌方车辆都均使用脉冲武器，杀伤力很大，因此不要和他们缠斗，直接驶往权威主基地外面的入口，进入通道后一路往前，遇到大批权威步兵、盾牌兵以及少数持机枪的重型步兵，通过以后部分地区的激光栅栏会重新启动，使用脉冲机枪对付这些敌人相当容易。
来到通道末尾乘坐电梯升到上一层，在天桥上遇到不少变异人的攻击，这些人右臂已经改装为脉冲枪，但攻击频率不算很高，仍然以近战为主。用脉冲机枪全部解决后在对面启动网络核心（nexus core），坐电梯上去，入口两边的箱子里跳出两个变异人，撂倒后从左侧的通道下去操作主机，关闭上面通道口的激光栅栏，接着回到上面进通道，消灭里面的权威步兵和变异人，转弯后遇到激光栅栏，在左侧的控制杆上关闭，接着来到走廊末尾再次坐电梯上楼，抵达后外面的桥梁两侧涌来很多变异人，身后的激光栅栏再度关闭，全歼后从左边下去操作控制台，网络中心的计算机连接到外部核心，成功后回到天桥，走到中央时对面的大门打开，出现权威士兵和重装兵，身后还有变异人，消灭后穿过那个门口进入里面的走廊，这里仍是那些兵种，脉冲机枪的弹药补给点很多。
走廊末尾第四次乘电梯上楼，启动一个控制面板后两道蓝色光芒和建筑上方对接，中央升起一个平台，跑到上面将驱动插入身份终端（id terminal），上传所有方舟的坐标，再到左侧激活卫星定位终端（satellite positioning terminal），这时变异人再次涌来攻击，击毙后到右侧绿色面板激活坐标解密终端（coordinate decryption terminal），击退又一批变异人后在中央激活数据传输终端（data tranission terminal），之后太空中的卫星释放出信号，全球各地地下的方舟全部破土而出。
