双重圈套：马耳他逮捕行动
Tom Reed还记得在《双重间谍》的故事里，在铲除美国本土组织JBA的行动中，3E的前任主管Irving Lambert不幸阵亡，冷血悍将Thomas Jeffrey Reed接任了他的职位。Reed出生于加州首府萨克拉门托的一个贫民家庭，美国空军学院毕业后，他成了美国空军情报、监视和侦查剖析部（Air Force ISR）的数据分析员，由于表现优异，被抽调到新成立的空军网络战司令部（AFCYBER），阻止过多起针对美国的大规模网络攻击。3E成立后，他自愿调往这一部门。心理报告显示，Reed是个充满自恋情结，且控制欲强烈的人，但以前在Lambert手下，Reed给人留下的印象，只有一丝不苟的工作作风和冷酷的面容。
Reed上任后即展露了野心：他决心扩大“第五自由”的使用范围，升级“分裂细胞”特工的规模，将3E提升为凌驾美国各大情报机关乃至整个国家机器的“上帝”，以超常规手段彻底剿灭恐怖组织。他的野心被女总统Patricia Caldwell察觉，总统决心搜集证据关闭3E，察觉到自己的无上权利即将灰飞烟灭时，Reed打算先下手为强。
Anna Grimsdottir
Reed上任后几乎更换了Lambert时期的全部人马，Anna却是一个例外：他非常信任这个与自己有着相同成长经历的情报分析员，Anna也在多次任务中表现了对新长官的忠诚。事实上，Anna是女总统Patricia Caldwell安插的内线，一面汇报Reed的行动，一面搜集可以扳倒新“老板”的有力证据。但此时3E已经全面落入Reed的控制，以数据分析员的身份，Anna很难独立展开调查，稍有不慎就会带来杀身之祸。于是，Anna想到了因为女儿惨死心灰意冷，从此浪迹天涯的Fisher大叔……
Andriy Kobin
Kobin是一名穷凶极恶的欧洲犯罪集团首脑，同时也是个灰色人物——他与3E有密切合作关系，官方希望利用这个黑帮大佬去执行一些不被承认的行动。在EMP失窃事件中，他租用一架民用货机前去“接应”两名特工，然后在货仓中将他们灭口（游戏里在Kobin的宅邸中，Fisher可以找到两只尸袋，其中装着的正是“射手”与“茶隼”的尸体）。获知Fisher在马耳他后，Reed遂下令Kobin派人解决掉这个眼中钉。
故事
Anna知道，唯一能让Fisher重新出山的方法，就是给予他一个为爱女Sarah复仇的机会。于是她一面向Reed宣称Fisher了解EMP失窃事件，一面联系到Fisher，谎称杀死Sarah的凶手就在马耳他，与Reed一道精心设置了一个完美的诱捕行动。对Reed而言，他急需通过 Fisher知道EMP失窃的泄密渠道，以及还有多少人知道了他的阴谋。对Anna来说，这次诱捕的真实目的就是获得一个可以和Fisher面谈，请求他为总统的特别行动提供支援的机会。但在3E的监控下，如果不采用这种计中计的方式，任何与大叔的联系都会造成自己的“泄底”，这就是马耳他行动的真实意图。
以Kobin作为诱饵，果然激起了Fisher的满腔仇恨，在宅邸中，Fisher将Kobin揍得鼻青脸肿，但却得到一个匪夷所思的信息：Kobin说自己早就知道Fisher会找上门来，“他们”已经恭候多时了。尽管此时Fisher意识到这是一个圈套，但已经为时已晚：一群“分裂细胞”特工从天而降，Fisher不得不在Anna的“劝说”下放下武器。被麻醉后，人事不省的Fisher被押往弗吉尼亚州由私人军事公司“黑箭”控制的 Price机场。
在这里，Anna向Fisher揭示了自己的真实身份，并且希望得到Fisher的帮助。被拒绝并没有出乎Sarah的意料，于是她拿出了让Fisher大吃一惊的情报：原来Sarah并没有死，她正在Anna的保护中！Fisher并没有欣喜若狂，因为Sarah死讯是他最信任的Lambert亲口告知的，相比Anna，Fisher更愿意相信Lambert。可Fisher最终还是相信了Anna——谁能放弃让自己的挚爱死而复生的机会呢？
