第四章：菲洛斯
下船和守卫谈话会被桀斯偷袭，一路杀到东方之珠，找到方丹了解情况，突然旁边高楼涌出大量桀斯，进楼消灭全部敌人后回来向方丹继续了解情况，就可以继续赶往艾克斯吉诺基地了。
和有一对夫妇的房间中的女病人对话，+2道德。回去和居民们对话会有一系列的支线任务可以做，全部都在楼内地下道中完成，而且可以和地下道尽头的男人对话+2道德。
通过楼内电梯进入车库开车上高速，路上通过追查无线电源头找到难民避难所，可以选择下车进去调查，朱莉安娜会拜托你找她失踪的女儿丽姿贝斯。
到达艾克斯吉诺基地，西北方房间的箱子打开后会有一只桀斯重甲偷袭。前进的通道被能量壁挡住了，只能从一处断壁跳进垃圾场，遇到丽姿贝斯。
得到通行证并知道了桀斯来此地的目的和出去的方法，交谈后会有维刃偷袭。消灭敌人继续前进并找到压力阀门的控制器，降下阀门切断桀斯飞船的钩爪，能量壁消失。
出门遇到丽姿贝斯，对话+2道德。一起上车回去，到刚才的避难营下车，伊桑.郑会阻止你继续任务，一抢崩掉他，朱莉安娜会给你“反索利安毒气”手雷升级组件+2道德。
如果有足够的谈话技巧可以避免杀掉伊桑.郑，并额外+24楷模/+25叛逆，但之后需要再单独跟朱莉安娜索要“反索利安毒气”升级组件，+2道德。
驱车回到东方之珠，那些索利安爬行者可以随便打，被控制的殖民地居民可以用装了神经毒气组件的手雷炸晕，手雷的爆炸范围其实很大。
【注意扔手雷的快捷键需要按下两次，一次是扔出另一次是引爆手雷。】
共16个居民，每炸晕一个+2楷模，每杀死一个+2叛逆。开启起重机，拖开居住舱，露出索利安藏身的地道入口，见到索利安后和它制作的阿莎丽克隆人对话，+2道德。
谈崩后开战，一层一层上楼打断索利安的触手，每打断一个触手索利安就会创造一个新的阿莎丽克隆人来阻击你。
除掉所有触手后，被克隆的阿莎丽人本体席雅娜出现，对话后如果选择杀她+9叛逆。
【注意，如果选择放过席雅娜，则她会出现在二代的伊里姆并且有特殊剧情和支线任务，三代则会成为少量战力。】
从东方之珠回到船上讨论总结后本章结束，最后Joker会询问是否向最高议会报告，汇报+2道德，如果先顶撞再正面解释可以同时+4楷模+2叛逆。
第四章支线：
No.1 菲洛斯：隧道中的桀斯：清完塔楼中的桀斯后和方丹对话后得到。
清除地道中的桀斯和发信器后和方丹对话+8楷模。
No.2 菲洛斯：维刃之肉：清完塔楼中的桀斯后和房间中的戴文.雷诺兹对话后得到。
找到并清除地道中的维刃首领，回去跟戴文.雷诺兹对话：
a.不向他要报酬+8楷模，+1医疗胶EXP720星币14400；
b.向他要报酬+2叛逆+8楷模，+1医疗胶EXP720星币14400。
No.3 菲洛斯：太阳能电池：清完塔楼中的桀斯后和梅.欧康奈尔对话后得到。
在地道中寻找能用的能量电池后和梅.欧康奈尔对话+8楷模，+30万用胶EXP720星币14400。
No.4 菲洛斯：恢复供水：清完塔楼中的桀斯后和玛哈.道尔对话后得到。
在地道中寻找并开启3个供水阀门后和玛哈.道尔对话，+8楷模，EXP720星币33000。
No.5 菲洛斯：数据收回：去艾克斯吉诺基地路上的难民营中和加文.霍斯勒对话后得到。
调查艾克斯吉诺基地的控制台后和加文.霍斯勒对话，+30万用胶EXP798星币18600。
【注意，这个支线任务完成与否会影三代某个战力资源的得到与否。】
No.6 调查货物（UNC:间谍探测器）：在东方之珠的房间里普通破解电脑得到。
去航行者星云的亚马逊星系的阿吉比尼姆，到了星球上直接去指定地点，进入地下发生剧情，要求在10秒内拆除3个核弹的引爆系统，然后出洞，杀掉全部敌人抢回步兵战车完成任务。
No.7 调查研究所（UNC:艾克斯吉诺研究所）：在艾克斯吉诺基地里的某个电脑高级破解后得到。
去孤海星云的东方号星系的诺达克鲁斯星球，进入艾克斯吉诺试验机构，里面的敌人都是些索利安爬行者。走到最里面跟罗斯博士对话：
a.选择接受贿赂，星币63000；b.拒绝的话发生战斗，+8楷模/+9叛逆，EXP376星币31500。
No.8 调查样本（UNC:死亡殖民地）：在艾克斯吉诺基地做主线任务时高级解锁服务器后获得。
去孤海星云的又野星系的切斯卡星，地图上标出两个民众居住点和一个试验机构，这三个地方全都是有满满的尸傀占据，全部三个地方的敌人清空后完成任务。
No.9 桀斯行动（UNC:桀斯入侵）：
a.在艾克斯吉诺基地做主线任务时专家级破解电子仪器获得；b.进入阿姆斯特朗星云后自动触发。
彻头彻尾的打架任务，阿姆斯特朗星云的每一个星系里的可登陆星球都有敌人的基地，挨个毁掉就可以，如果有运兵船，直接攻击飞船或杀兵到一定程度它就会逃走。四个星系都完成后星云地图内会出现新的格力索姆星系，进入可登陆星球全灭敌人，任务完成。
