终章
one thousand suns
alex mercer吸收了主导者peter randall将军。军队领袖与感染核心elizabeth greene都被消灭，扮成cross的supreme hunter现出真面目，企图吞噬alex。消灭supreme hunter后，alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，alex mercer二度复活。
以上就是游戏的基本剧情流程，但是上述的叙述法有个致命的错误：alex mercer早在游戏开始前的penn station事件中就死了，自认是alex mercer的男子，其实只是吞噬了alex的尸体以及部分记忆的blacklight实验病毒原型（prototype）。 alex mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，是以alex mercer的外观与部分记忆作为预设值的「prototype」生物体。故事的趣味由此而生：prototype自以为是alex mercer，但是却不知道真正的alex mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。
那么，要理解整个《prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚alex mercer的身分。
alex mercer究竟是谁？
alex mercer是生物科技公司gentek旗下的生化武器计画之一，blacklight（黑光计画）的研究员。 blacklight的目的是利用特殊生物样本，也就是elizabeth greene，研发出针对性的病毒武器，是政府／军方出资的黑计画。由于blacklight计画风声走漏，军方决定派出病毒／生化危机处理小组blackwatch（黑色守望）将整个计画封锁，并处理掉所有的相关人事。 alex mercer察觉事情不对劲，便开始私下调查，并且利用自己的妹妹，要求她从外部协助。
当alex发现军队将肃清blacklight／gentek后，他决定自保。他把收集到的资料（笔记型电脑）寄给妹妹，自己则把blacklight病毒偷出实验室，认为这样就能要胁军方。然而，blackwatch在penn station找到了他，而且无意妥协；眼看自己无路可逃，注定命丧于此，alex mercer决定拖全纽约市的人一起陪葬，打破了装满blacklight病毒的试管。虽然blackwatch立即将他枪杀，但为时已晚，病毒已经散布了出去，开始感染纽约市民。 alex mercer当场死亡，现场的高浓度blacklight病毒吞噬了他的尸体以及零碎的记忆，成为prototype（blacklight原型体）。
alex mercer的尸体是prototype第一个吞噬的对象，因此他的外观成为prototype的预设外表；而且，就和游戏中prototype吞噬其他人所获得的记忆片断一样，prototype只取得了alex mercer一部分的残余记忆（乃至于人格），这也就是游戏开始时prototype／伪alex mercer会「失去记忆」的原因。 prototype对失去记忆／病毒感染的始作俑者怀抱着的莫名复仇心，也能从prototype还残存着alex mercer生前对gentek／军方抱持的畏惧与恨意来解释。
elizabeth greene又是谁？她和blacklight（prototype）有什么关系？
1963年，美国军方在爱达荷州的荷普镇（hope，idaho）进行特殊进化病毒实验，以动物作为实验对象。 1964年，军方开始人体实验，将病毒（日后的blacklight）注入所有荷普镇民的体内，原本的目的只是为了开发出可针对特定人种／种族生效的病毒武器。起初没有任何的变化（除了1965年出生的婴儿体内出现分化的新种病毒），直到1968年，镇民开始出现奇异的集体行为，接下来全镇瞬间陷入病毒感染，感染的核心就是19岁的elizabeth greene。军方杀害了所有的感染者，只留下elizabeth greene，并将她拘禁起来，继续病毒研究。作为19岁高加索人种女性的elizabeth greene已经不存在，军方／gentek所囚 禁的是具有elizabeth greene外观的blacklight病毒综合体，这个病毒综合体拥有集体意识，能控制其他的感染者，与荷普镇的情况相同。
由剧情中karen parker发现两种病毒来研判，alex mercer窃走blacklight的病毒应该是elizabeth greene体内blacklight母株的分支、变种或改造株，这也是elizabeth greene对prototype／伪alex mercer说「我是你的母亲」的原因。
elizabeth greene于1969年感染爆发时怀有身孕，她与她的儿子（代号pariah）在荷普镇事件后均为军方所接管。荷普镇镇压行动的负责人为现今时间点镇压纽约感染的peter randall将军，时为中尉，当时他因为左手在接触elizabeth greene／pariah时遭到感染，而自断一臂。
