karen parker不是alex mercer的女友吗？为什么会突然背叛他？
karen parker和alex mercer都是gentek的员工，在gentek创办人raymond mcmullen手下工作。感染爆发后，karen parker成为军方肃清的对象，逃亡失败而被blackwatch捕获。为了自保，她和军方合作，利用prototype记忆里残存的爱情印象，卧底监控prototype的行动。她并没有背叛alex mercer；她很清楚alex mercer已经死在penn station。出现在她面前、向她求援的是病毒综合体prototype。
在游戏中，玩家达成特定条件后可以找到karen parker，向她复仇。
ragland医生是谁？为什么他会知道prototype／伪alex mercer身上的病毒，而且还能制作抗体？
bradley ragland是生医领域的专家，曾因为拒绝为gentek工作而被全面封杀。他后来转而进入病理学界，在圣保罗医院担任病理学家，长达十年。曼哈顿爆发病毒感染后，他率先察觉事有蹊跷，试图回报疾病通报体系，却被军方／gentek暗中阻挠。他想带着病毒样本逃出纽约时遭到blackwatch拦截，raymond mcmullen（mcmullen当年封杀ragland在生医界的前途）允许他继续研究病毒，条件是不得向外通报或泄漏任何有关blacklight的消息。
cross为什么最后会变成supreme hunter？他何时被感染／吸收的？ supreme hunter到底是什么鬼玩意？
supreme hunter源自用来对付prototype的病原体。 robert cross用针筒将病原体注入prototype／伪alex mercer的体内，开始以寄生体的方式侵蚀prototype。但prototype藉由ragland的协助，将寄生体排出体外，这支寄生体后来被prototype当成对抗elizabeth greene的武器，但是却无法产生效用。病原体被greene转化后排出体外，成为supreme hunter。
它具备吞噬与吸收的能力（极可能是因为寄生prototype而来），这点可以从与prototype首战之后，supreme hunter碎裂的尸块仍具生命力而得知；虽然游戏中没有明确透露robert cross被吸收的时间点，但cross开始匿名接触prototype前极有可能已被感染／吸收，而且是被supreme hunter吞噬。
首先，游戏过场中cross在感染者的感染视觉中呈现被感染的亮黄色，表示cross已被感染；再者，prototype／伪alex mercer与cross两人在过场中讨论他被寄生的经过时，cross问prototype「有没有想过寄生体是否有感觉」这件事，可以推测出cross与寄生体／病原体／supreme hunter的关联。同时，「寄生体是否有感觉」这句话透露出supreme hunter和prototype一样具有个体意识，不受greene／感染者集体意识操控－－它与prototype合作消灭elizabeth greene与军队，是出自个体利益与自我生存的考量:除去潜在的操控者（greene）与威胁（军方）后，再吞噬prototype，supreme hunter便能拥有独一无二的力量，确保自己的生存。
游戏的结局就这样没了？ dana mercer呢？
游戏的尾声，prototype认清了自己并非alex mercer，也不仅是alex mercer；他自认承载所有被吞噬者的记忆，也背负起所有被吞噬／杀害者的性命，并一肩扛起alex mercer感染penn station乃至全纽约的罪孽。 dana mercer状况不明，不过既然prototype已经认清自己不是alex mercer／dana mercer的兄长，会刻意回避dana是可以理解的。
prototype虽然暂时脱离军方掌控，但blackwatch／军方手中仍然有elizabeth greene之子，pariah，blacklight的研究仍可继续。
