第五章系统与剧情磨合的一些问题
rpg游戏是系统与剧情两方面的结合，一般说来，系统的设置是为了表现情节服务的，两者自然要融合才是，但是轩辕剑三却出现了一些特别的问题：
首先，大地图前后的比例不一致，前期从威尼斯城倒东南海岸的海洞，北方的修道院在大地图上有多远，对比一下后期长安和洛阳在大地图上又隔了有多远，显然前者的比例要大很多——按照缩放的原则，比例尺变了，地图上的人物也应该相应地缩小才是。
然而，最大的问题发生在与蜃楼王相关的剧情中。根据情节，既然这一切都是幻影，那么幻影消失之后角色的装备和等级都应该恢复到以前的状态，但是在游戏里这一切都保留了，甚至在幻象中的天山开过的宝箱，回到现实后发现还是被人开过了——难道刚才的五年不是幻影？
这也难怪姆斯比尔和蓝魔神还在身边呢……
实际上，rpg游戏都有个潜在的规则：那就是，主角总是要从弱到强，一步一步练功升级，获得各种各样的物品，问题在于剧情却不总是如此，轩三在故事上的“幻影”，在人物成长上却不是，由此则造成了错位。（再比如说“暗黑修罗贴”任务很明显缺少了剧情，为了增加点任务而增加任务）
与此相关的还有由炼妖壶而引出的设定问题，从炼妖壶的功能来看，东西方的神怪自然越多越好，越出名越好，并且配合神魔轶事录很有文化感——但是这又与剧情毫不相关，比如说主角们干嘛与娥皇女英神龙凤凰过不去？从剧情和主题上来看天神和瑞兽完全不可能成为敌人，也不该出现在一些匪夷所思的地方（最后的汉长安废墟里各路神仙云集，难道是来看赛特与撒旦大战来的？！），更何况还让你惨无“仙”道地炼来炼去，然而不可否认的是加上这些对于游戏的可玩性很有益处。
放上去之后又存在一个等级错位问题，导致神魔轶事录上的等级与游戏实际上碰到的厉害程度脱节，比如说号称５８级的九天玄女还不如游戏中后期碰到的boss厉害，虽然从神仙体系上来看九天玄女要高得多，还有就是从体积上来说，很多神魔都不应该那么小，比如说阿高司和神龙等等。
同这个很相似的问题就是游戏中剧情的主要人物与战斗的主要人物也存在脱节现象，比如慧彦从剧情上来看当然很厉害，但是在实际战斗中作为辅助人物却又可有可无。
归根到底，轩辕剑系列的“怪物”设定有两个体系，一是与剧情有关的，主要是些boss，另外就是从炼妖壶、天书等的可玩性上出来的五花八门的各路神仙奇人，这两个系统毫不相干但又相互共存，制作人也没有给与任何解释，这一矛盾在轩三及其外传表现得尤为明显。
这样做的最终后果就是轩辕剑的设定缺少了严谨，但是却包容了更多的东西，形成了一个杂而不精的庞大体系。
