重蹈覆辙，历史再度改写
在《红色警戒 3》当中，接续前作剧情，苏联抵御不住盟军的攻势，兵临城下之际，苏联领导人决定孤注一掷，启用秘密研发且未经测试的苏联版时光机回到过去，在时空中抹除了爱因斯坦，以为这样就能消弱盟军的科技实力。
在返回原时空后，盟军对苏联的威胁确实减少了，但这次的历史改写，使得盟军无暇顾及太平洋战区的对日行动，进而造成了日升帝国的崛起，庞大的舰队及先进的科技已经抵达准备并吞苏联、一统世界，苏联领导人立即下令使用核弹反击，却忘记当他们抹除了爱因斯坦后，核弹也不曾被发明了……。
在片头动画中，苏联总理回到过去将爱因斯坦从时空上抹除
于是，出乎意料的新兴超级强权诞生，升阳帝国──也就是日本于东方崛起，引发了和苏俄、盟军之间三方角力全新战争，大量新颖且超凡的武器及科技被投入战场。
在离开玩家多年后，许多当年所熟悉的单位也将重现；而游戏整体风格、真人影片所带给玩家的感受，及游戏诙谐的幽默风格，都承袭了《红色警戒 2》的优良传统，并在游戏系统等各方面做更进一步精进，带给玩家全新的剧情及新登场的日升帝国阵营。
苏联成功削弱盟军势力，确保苏联得以延续，但却意外使得日升帝国崛起
游戏分为盟军、苏联、日升帝国三大阵营，各自有不同的剧情任务
